脑循环治疗仪通过颅内感应电流对皮质神经的刺激作用，宏观上可以看到大脑神经活动的改变，如用肌电图诱发电位仪可以检测到运动诱发电位和肌肉的抽动，脑电图可以检测脑电活动频率、幅度及部位的变化，经颅磁刺激仪用正电子发射断层扫描和功能性磁共振成像可以检测到脑血流、代谢和大脑功能的变化。
脑循环治疗仪产生的磁场，我们称为脉冲磁。这个磁场强度是随时间成不规律性的变化，而其峰值正是一个能够短暂的、能穿透颅骨的强磁场。当这个强磁场作用于大脑皮层。由于人体体液的存在，我们可以把人体神经看做导体。磁场切割导体产生感应电流。当感应电流的大小达到神经兴奋阈值时，神经细胞将产生动作电位，把这种兴奋传递下去。
脑循环治疗仪对脑组织的生理效应主要表现在以下几个方面：
1、 增加脑血管弹性
2、 改善病灶区的血液循环
3、 改善脑组织的代谢环境
4、 引导患者脑磁功能趋向正常化、秩序化。
5、激活脑细胞、舒缓疲劳、减轻压力、提高睡眠质量。
6、提高头脑清晰度和反映能力
脑循环治疗仪用磁治病，也就是我们常说的磁疗，在我国已经有近2000多年的历史。比如这个可能在西汉初期，一个平常的秋天发生的故事，就是我国漫漫历史上，用“磁”调治疾病比较早的先例了。东汉时期，我国中医四大经典著作中的《神农本草经》也曾记载 :磁石性“味辛酸寒” , 主治周痹(麻痹)、风湿 、肢节肿痛 、酸肩,除大热烦满耳聋。。这也就是说，经颅磁产生的强磁场不但要能穿透颅骨，并且其产生的感应电流大小还要达到其神经兴奋阈值，如此，这台仪器才能起到疗效。